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| 1 | 龙眼HDAC家族成员的全基因组鉴定及表达分析显示文摘【目的】研究龙眼HDAC家族的进化特性及其在体胚发生过程及不同激素处理下的表达模式。【方法】对龙眼HDAC(DlHDAC)家族成员进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结合转录组数据分析DlHDAC家族在龙眼非胚性及胚性培养物及不同组织器官中的表达情况,采用qRT-PCR检测龙眼体胚发生过程及不同激素处理下DlHDAC家族的表达模式。【结果】DlHDAC家族可分为RPD3/HDA1、HD2和SIR2亚家族,均为亲水性蛋白质,亚细胞定位显示主要分布于细胞核中。RPD3/HDA1亚家族含有HDAC结构域,HD2亚家族含有C2H2型锌指和Nucleoplasmin结构域,SIR2亚家族含有SIR2结构域。RPD3/HDA1和SIR2亚家族蛋白结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,HD2亚家族以无规则卷曲为主。DlHDAC启动子序列中包含众多光响应、激素应答、胁迫响应及与植物生长相关作用元件;转录组数据显示DlHDAC家族大部分成员在ICpEC和GE阶段高表达;且在龙眼果实,种子及根中高表达。qPCR分析显示,DlHDA6、DlSRT1-1、DlHDT1和DlHDT3在GE阶段上调表达;在脱落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、赤霉素(GA3)和水杨酸(SA)处理下DlHDA8、DlHDA9、lSRT1-1、DlSRT2、DlHDT1和DlHDT3均被不同程度地诱导表达。【结论】DlHDAC在进化过程中保守性与特异性并存,可能参与龙眼果实、种子及根的生长发育过程,并通过响应ABA、SA和GA3的表达来调控龙眼体胚发生。 | 李晓斐 张舒婷 陈晓慧 申序 蒋梦琦 刘蒲东 陈裕坤 林玉玲 赖钟雄 | 2020 | 果树学报2020，37，6： | 7 |
| 2 | 龙眼体细胞胚胎发生早期SDG基因家族的全基因组鉴定与表达分析显示文摘SET domain group(SDG)基因家族控制的组蛋白赖氨酸甲基化,是参与染色质功能调控和表观遗传调控基因表达的重要部分。为了解龙眼(DlSDG)家族的生物学功能,采用生物信息学分析方法进行龙眼全基因组SDG家族成员的鉴定,并对蛋白质结构域、保守基序、基因结构、启动子顺势作用元件、进化树、相关基因的蛋白互作和体胚发生早期的基因表达情况进行预测和分析。结果显示,龙眼SDG家族基因包括32个成员,分为Suv、Ash、ATXR5/ATXR6、Trx、E(z)、SMYD和SETD 7个亚家族,其中Suv亚族成员数量最多;外显子数量在1~22个不等,蛋白结构域保守,都含有一个SET结构域,DlSDG蛋白保守motif不同亚家族间差异较大;DlSDG启动子包含许多诸如低温、干旱和压力等非生物胁迫响应元件和激素响应元件;龙眼SDG成员在体胚发生早期均能不同程度表达,其中DlSUVR4b在EC和ICpEC阶段可能发挥着较为重要的作用;DlSUVH4可以和DNA甲基转移酶MET1发生互作。本研究表明,龙眼DlSDG 32个组蛋白赖氨酸甲基转移酶基因可能除了在生物钟的调节、植物发枝数量、根的生长发育、种子的萌发、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要功能外,也可能直接参与胁迫响应和体细胞胚胎发生的调控,并且还可能在参与DNA甲基化、染色质重塑的过程中形成体细胞胚胎发生的协作调控网络,表现其具有功能上的多样性、复杂性。 | 申序 陈晓慧 徐小萍 霍雯 李晓斐 蒋梦琦 张婧 林玉玲 赖钟雄 | 2019 | 热带作物学报2019，40，10： | 6 |
| 3 | 龙眼体胚发生过程中DlAGO4基因的克隆及表达分析显示文摘该研究基于龙眼基因组数据库,采用RT-PCR技术,以‘红核子’品种龙眼松散型胚性愈伤组织cDNA为模板,进行龙眼胚性愈伤组织DlAGO4基因的克隆和生物信息学分析,并采用实时荧光定量技术分析其在龙眼体细胞胚胎发生不同阶段、不同组织部位、激素和非生物胁迫处理以及5-氮胞苷(5-azac)处理的表达模式。结果表明:(1)DlAGO4基因cDNA全长为3425 bp,包含开放阅读框长度为2781 bp,编码926个氨基酸。(2)生物信息学分析表明,DlAGO4蛋白为碱性亲水非分泌蛋白,含有AGO经典的保守结构域PAZ和Piwi,与克莱门柚CcAGO4的同源性最近,含有85个磷酸化位点和2个糖基化位点;亚细胞定位预测其最可能定位于细胞核;MicroRNA预测显示,DlAGO4基因受到4个miRNA靶向调控。(3)qRT-PCR结果表明,DlAGO4在龙眼球形胚阶段和种子中相对表达量最高;激动素、水杨酸、NaCl、甘露醇、PEG-4000和ABA处理均能促进DlAGO4基因的表达,而2,4-D和MeJA处理抑制其表达;不同浓度的5-azac处理1 d和3 d抑制DlAGO4的表达,但从处理第6天开始该基因呈上调表达,并于处理第12天相对表达量最高。研究认为,DlAGO4基因可能参与龙眼球形胚和种子的转录调控,且可能参与KT、SA的激素信号转导途径和NaCl、甘露醇、PEG-4000、ABA的逆境胁迫响应途径以及DNA甲基化调控机制。 | 陈荣珠 申序 林美珍 陈晓慧 徐小萍 赖钟雄 | 2020 | 西北植物学报2020，40，5： | 4 |
| 4 | 龙眼类受体蛋白激酶CRK家族全基因组鉴定及表达调控分析显示文摘为了解龙眼富含半胱氨酸的类受体蛋白激酶(cysteine-rich receptor-like kinase,CRK)家族的基本特征与功能,本研究采用生物信息学分析方法对筛选出的98个龙眼CRK基因家族的成员进行分析鉴定,包括分子进化树的构建和对蛋白结构域及其特性、启动子及其顺式作用元件、体胚发生的过程以及组织器官特异性表达的分析。结果显示:通过对龙眼和拟南芥CRK基因做进化树分析,可根据亲缘关系的远近将其分为7个亚家族;不同亚家族成员的蛋白质特性(氨基酸数量、相对分子质量、等电点、信号肽及糖基化位点)有所不同;各成员基因结构特性,启动子顺式作用元件,蛋白结构域特性等与进化树中家族成员亲缘关系的远近相关;98个CRK家族成员在体胚发生过程(NEC、EC、ICpEC、GE)以及生长发育过程中组织器官特异性表达情况有所不同,其中在非胚性愈伤组织以及幼果中表达量较高,在种子和果实中几乎未表达。此外,富含半胱氨酸的类受体蛋白激酶在生物胁迫、非生物胁迫(抗病虫害、抗旱、抗寒、抗盐胁迫等)以及在植物生长发育过程中起着重要作用。 | 孙莹 林艺灵 赵鹏程 徐小萍 陈晓慧 申序 林玉玲 赖钟雄 | 2019 | 热带作物学报2019，40，10： | 3 |
| 5 | 龙眼HD-Zip基因家族生物信息及表达分析显示文摘为了解龙眼HD-Zip基因家族的功能,本研究基于龙眼基因组与转录组数据库,对提取的19个龙眼HD-Zip家族成员的启动子、可变剪接以及受到调控的miRNA种类进行分析;并采用实时荧光定量PCR技术,分析了在ABA处理下龙眼胚性愈伤组织(embryonic callus,EC)中HD-Zip部分成员的表达模式,以及HD-Zip部分成员在不同体胚阶段的表达模式。结果表明:龙眼HD-Zip家族除含有TATA-box和CAAT-box以外还含有大量的光响应元件、激素响应元件以及胁迫响应元件,暗示龙眼HD-Zip家族成员可能参与光反应、激素响应以及非生物胁迫的过程;龙眼HD-Zip在不同组织部位与不同体胚阶段的可变剪接方式主要以内含子保留为主;龙眼HD-Zip基因家族成员主要受到miRNA166a的调控;在外源激素ABA处理下龙眼EC中HD-Zip家族部分成员的表达模式以及部分成员在不同体胚阶段的表达模式都呈现多样化,推测龙眼HD-Zip参与龙眼不同体胚发育的调控,并且可能通过调节内源ABA的浓度进而影响胚性愈伤组织的生长发育以及形态的建成。 | 张春渝 徐小萍 陈晓慧 申序 林玉玲 赖钟雄 | 2019 | 热带作物学报2019，40，10： | 3 |
| 6 | 龙眼体胚发生早期4CL基因家族鉴定与功能分析显示文摘为了解龙眼4-香豆酸:辅酶A连接酶(Dl4CL)基因家族的分子特性及生物学功能。采用生物信息学分析方法进行龙眼4CL基因家族的成员鉴定,蛋白结构域及特性、分子进化树、体胚发生过程和组织器官中的表达规律分析以及可能互作的miRNA预测。结果显示,Dl4CL基因家族包含43个成员,分为6个亚家族;不同亚家族成员的基本理化性质包括等电点、相对分子量、氨基酸个数及信号肽有所差别;Dl4CL蛋白均属于非分泌型蛋白,具有多个保守的motif;各成员基因结构特性与进化树中家族成员亲缘关系的远近有关;Dl4CL启动子序列包含大量光响应元件、厌氧诱导响应元件及MYB结合位点,推测Dl4CL家族成员可能参与龙眼生长发育过程中黄酮类物种的生物合成以及色素的积累;Dl4CL可能参与不同胚胎发育过程和不同组织器官的形态建成;43个Dl4CL成员共有10个受miRNA调控,并且不同成员受不同的miRNA靶向调控,推测Dl4CL可能通过与miRNA互作参与体胚发生、响应环境胁迫等过程。研究表明,Dl4CL在龙眼体胚发生早期除了参与木质素的合成之外,还可能参与色素合成、组织器官特异表达等多种生物代谢途径,表现其生物学功能的复杂性。 | 洪平静 徐小萍 王静宇 陈晓慧 申序 林玉玲 赖钟雄 | 2021 | 热带作物学报2021，42，4： | 2 |
| 7 | 龙眼Aquaporin家族的全基因组鉴定及其在体细胞胚发生早期的表达显示文摘水孔蛋白(AQP)是生物调控水跨膜运输的重要通道.为了解龙眼AQP基因家族的生物学功能,利用本实验室的龙眼基因组数据库,结合生物信息学的分析方法进行龙眼全基因组范围内AQP家族成员的鉴定,并对其蛋白质理化性质、系统进化关系、共线性、选择压力、基因结构、保守基序、蛋白质保守结构域、顺式作用元件、蛋白质互作和体细胞胚早期不同阶段的基因表达情况进行分析.结果显示,龙眼AQP基因家族共有35个成员,蛋白分子量在17.77×10^(3)-44.30×10^(3) kD之间,分布在14条染色体上;经系统发育树分析,可将其分为5个不同亚家族:PIPs、TIPs、NIPs、SIPs和XIPs;不同亚家族间等电点、磷酸化位点、内含子数量和motif分布差异较大;AQP家族成员间共有6对共线性基因,与拟南芥基因组间有28对共线性基因,且在进化过程中都受纯化选择作用;龙眼AQP家族蛋白质都含有MIP保守结构域;其家族成员可与SYP、PP2A和BOR发生互作,PIP亚家族内的蛋白互作关系最强;基因组的FPKM值分析发现,大部分AQP成员可在龙眼胚胎早期不同阶段进行表达,其中DlTIP4的表达量在所有阶段远高于其他成员,可能在整个过程中发挥着重要作用.本研究表明龙眼35个AQP家族成员基因可能在体细胞胚胎发育阶段发挥重要作用,并且可能响应干旱、低温等非生物胁迫和脱落酸、生长素等植物激素的调控,在功能上具有明显的多样性. | 赵鹏程 徐小萍 张春渝 陈晓慧 申序 林玉玲 赖钟雄 | 2021 | 应用与环境生物学报2021，27，4： | 2 |
| 8 | 龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析显示文摘为了解龙眼RNA甲基化相关基因的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析方法,进行龙眼基因组RNA甲基化相关基因成员鉴定,蛋白结构域及特性分析,分子进化树分析,体胚发生过程和组织器官基因表达水平分析以及ABA处理下的定量表达分析。结果显示:龙眼中有7个参与RNA甲基化过程中的关键基因,包括5个RNA甲基转移酶基因和2个去RNA甲基化酶基因;各成员内含子数量差别较大,为4~28个不等;进化树分析显示,龙眼RNA甲基转移酶和去甲基化酶蛋白与甜橙亲缘关系最近;蛋白结构域分析显示,RNA甲基化相关酶具有保守的蛋白结构域;龙眼RNA甲基化相关基因启动子区域中主要含有光响应功能元件、激素响应功能元件、胁迫响应功能元件和分生组织表达响应元件,推测RNA甲基化相关基因可能对植物的生长发育和适应不良环境有一定调节作用;RNA甲基化相关基因部分成员在龙眼体胚不同发生阶段和不同组织器官中的表达有明显区别,推测龙眼RNA甲基化相关基因可能参与不同体胚发育阶段和组织器官形态建成;不同浓度ABA处理下,龙眼EC中RNA甲基化相关基因的表达情况各异,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相对表达量受到一定的抑制作用,而DlFIP37则呈现上调表达,暗示龙眼RNA甲基化相关基因参与激素响应途径。本研究表明,龙眼RNA甲基化相关基因除了可能在叶的形成、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要的作用外,还可能参与调控胚胎发育和响应非生物胁迫,推测龙眼RNA甲基化相关基因成员在功能上具有差异性和多样性。 | 王静宇 陈晓慧 申序 徐小萍 张梓浩 林玉玲 赖钟雄 | 2019 | 热带作物学报2019，40，10： | 2 |
| 9 | 龙眼染色质重塑因子Snf2基因家族的进化动力学研究及在体胚发生早期的表达显示文摘以龙眼(Dimocarpus longan Lour.)‘红核子’品种早期体细胞胚胎发生的胚性愈伤组织(embryogenic callus,EC)、不完全胚性紧实结构(incomplete embryogenic compact structures,ICpEC)和球形胚(globular embryos,GE)为材料,通过生物信息学方法鉴定和分析其染色质重塑因子DlSnf2家族成员及分子进化特性,并通过转录组和实时荧光定量PCR (real-time quantitative PCR,qRT-PCR)分析其表达模式。龙眼DlSnf2家族包含35个成员,家族扩张受到全基因组或片段复制驱动。选择含有SNF2 N和HELICc结构域的31个成员,根据进化特征分为6大类19个亚族。蛋白互作、microRNA和启动子预测显示,部分成员能够发生互作,大部分基因受到microRNA的潜在调控,且存在与激素、胁迫、光、生长和发育相关顺式作用元件。转录组和qRT-PCR分析显示:大多数基因在ICpEC阶段中高表达,DlCHR18、DlCHR24、DlCHR25、DlCHR29和DlCHR31a从EC到GE的过程中表达逐渐下调,而DlCHR4、DlCHR15和DlCHR42表达逐渐上调。分析显示DlSnf2家族基因响应2,4-D、ABA、乙烯利、茉莉酸甲酯、4℃和40℃。DlCHR10和DlCHR11的表达被乙烯利上调,而DlCHR28b和DlCHR36被下调,DlCHR11被ABA和高温(40℃)下调,DlCHR10被茉莉酸甲酯下调,DlCHR36被低温(4℃)下调,DlCHR24和DlCHR35被高温(40℃)下调。Snf2基因家族在植物进化过程中可能具有功能的相对保守性及一定物种特异性。在植物生长调节剂和温度处理下,龙眼DlSnf2家族成员可能参与调控体胚发生和抵御高、低温胁迫,且推测DNA甲基化、microRNA和组蛋白修饰等其他表观调控机制参与了这一过程。 | 申序 陈晓慧 张婧 陈荣珠 徐小萍 李晓斐 蒋梦琦 刘蒲东 倪珊珊 林玉玲 赖钟雄 | 2022 | 园艺学报2022，49，1： | 1 |
| 10 | 龙眼组蛋白去乙酰化酶基因DlHDT1的克隆与特性分析显示文摘组蛋白去乙酰化是植物表观遗传调控的重要组成部分,对染色体结构修饰和基因表达调控发挥着重要的作用。为深入探究组蛋白去乙酰化酶基因(histone deacetylase 1,HDT1)在龙眼体胚发生过程中的功能,该研究结合龙眼基因组数据,采用RT-PCR方法克隆得到龙眼组蛋白去乙酰化酶基因(DlHDT1),对其进行生物信息学分析及亚细胞定位观察,同时结合转录组数据分析DlHDT1在体胚发生过程中的FPKM值,并利用qRT-PCR技术检测PEG6000和NaCl处理下DlHDT1的表达模式。结果表明:(1)DlHDT1基因CDS序列全长918 bp,编码305个氨基酸,该蛋白为不稳定亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,共含43个磷酸化位点,相对分子量为32585.54 Da,等电点为4.65;进化树分析显示龙眼DlHDT1与漾濞槭亲缘关系最近(78.76%)。(2)亚细胞定位显示,DlHDT1蛋白定位于细胞核中;顺式作用元件分析发现DlHDT1基因含有大量光响应元件和脱落酸、茉莉酸甲酯等激素及逆境胁迫响应元件;转录组数据显示,DlHDT1在龙眼体胚发生不同时期均有表达,在胚性愈伤组织(EC)阶段表达最低,在球形胚(GE)阶段表达最高。(3)qRT-PCR显示,在PEG6000和NaCl处理下DlHDT1基因,呈下调表达趋势,推测DlHDT1可能参与调控龙眼对干旱及盐胁迫的响应,并存在负调控关系。研究认为,DlHDT1为核定位基因,可能参与龙眼体胚形态建成并在龙眼响应非生物逆境胁迫过程中发挥重要作用。 | 李晓斐 张舒婷 蒋梦琦 申序 霍雯 林玉玲 赖钟雄 | 2021 | 西北植物学报2021，41，4： | 1 |
| 11 | 龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径基因家族的全基因组鉴定与表达模式显示文摘STERILE APETALA(SAP)可调控PPD-KIX-TPL转录抑制复合体的稳定性,从而调节器官大小.基于龙眼基因组数据库,对龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径的基因家族进行全基因组鉴定,分析龙眼SAP、PEAPOD(PPD)和TOPLESS(TPL)家族成员的基本理化性质、基因结构及蛋白结构域、启动子顺式作用元件、蛋白互作网络、构建系统进化树;分析龙眼体胚发生过程及不同组织部位中的基因表达水平,并采用qRT-PCR检测体胚发生早期及不同激素处理下的表达模式.结果表明,DlSAP包含1个成员,具有WD40结构域,只有1个内含子.DlPPD包含7个成员,具有tify和CCT_2结构域,含有2-7个内含子,最保守基序为motif1.DlTPL包含6个成员,具有LisH、CTLH和WD40结构域,含有23-29个内含子,除motif7外,motif1-10中的剩余基序均保守.龙眼kinase-inducible domain interacting(KIX)家族包含8个成员,保守结构域为KIX.顺式作用元件预测表明,DlSAP、DlPPD和DlTPL启动子均包含大量光响应、激素应答和非生物胁迫响应元件.蛋白互作网络预测显示,SAP和PPD之间的互作关系较强,与TPL相关联的蛋白较多.qRT-PCR结果表明,DlSAP、DlTIFY4B和DlTPR2-1在球形胚阶段表达量最高;DlSAP、DlTIFY10B-1和DlTPR2-1在不同激素处理中均出现多种表达模式.总之,龙眼SAP-PPD-KIX-TPL信号途径的基因可能参与响应多种激素和非生物胁迫应答,也可能参与胚胎发育,具有多种生物学功能.(图9表2参33) | 韩婕 陈晓慧 申序 李晓斐 林玉玲 吴鹏飞 赖钟雄 | 2022 | 应用与环境生物学报2022，28，2： | 1 |
| 12 | 龙眼MADS-box基因家族的全基因组鉴定及表达模式显示文摘为了解龙眼MADS-box(DlMADS-box)家族的分子进化特性及其对光质、激素的响应,以及该家族成员在龙眼不同组织部位及体胚发生早期的表达模式,对DlMADS-box家族成员进行全基因组鉴定,采用生物信息学方法对其理化性质、进化树、基因结构、保守基序、启动子顺式作用元件、蛋白互作网络进行分析及预测,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位、光照及激素处理下的FPKM值.共鉴定出91个DlMADS-box成员,分为type-Ⅰ型(62个)和type-Ⅱ型(29个).大部分DlMADS-box为不稳定亲水性蛋白;type-Ⅰ型大部分成员含1个或不含内含子,type-Ⅱ型大部分成员含7个内含子;DlMADS-box所有成员均含有MADS-box结构域(motif1),大部分type-Ⅱ型蛋白含有K-box结构域(motif10).DlMADS-box启动子区含有光、植物激素和生长发育等顺式作用元件,且发现DlMADS-box蛋白可与该家族成员或其他家族成员之间发生互作.利用转录组数据对DlMADS-boxs成员的表达模式分析显示,大部分DlMADS-box在非胚性愈伤组织阶段中高水平表达;与黑暗条件相比,白光和蓝光处理显著诱导DlMADS-box基因的表达;在KT和2,4-D&KT处理下DlMADS-box基因表达水平明显高于在MS和2,4-D处理下的表达水平;DlMADS-box几乎参与龙眼所有组织器官的生长发育.上述结果表明DlMADS-box家族进化具有保守性及物种特异性,可能通过响应光、激素信号调控龙眼体胚发生及器官发育.(图8表1参45) | 李晓斐 申序 张舒婷 蒋梦琦 张梓浩 林玉玲 赖钟雄 | 2022 | 应用与环境生物学报2022，28，2： | 1 |
| 13 | 龙眼DlAGO1基因启动子的克隆与表达显示文摘为了解启动子在龙眼AGO1基因(DlAGO1)表达调控中的作用,根据龙眼基因组数据,以龙眼胚性愈伤组织的DNA为模板克隆DlAGO1基因的启动子序列,利用Methprimer、BPDG和PlantCARE在线软件对该序列进行生物信息学分析,将该启动子序列定向替换pCAMBIA1300载体的CaMV35S启动子,构建DlAGO1基因启动子与GUS基因的融合表达载体,瞬时转化本氏烟烟草叶片,进行GUS组织化学染色分析,并用不同浓度的赤霉素(GA_(3))、茉莉酸甲酯(MeJA)、水杨酸(SA)和脱落酸(ABA)喷洒烟草叶片,用实时荧光定量仪(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析不同浓度激素处理下GUS基因的相对表达情况.结果显示:分离克隆得到1437 bp的DlAGO1基因启动子序列,该序列含有2个CpG岛分布区,2段核心启动子区域,还含有多种顺式元件,包括大量的TATA-box和CAAT-box核心元件以及GA_(3)、MeJA、ABA、光、逆境、胚乳表达等响应元件;转基因烟草叶片被中度染色,ABA处理能够诱导DlAGO1启动子的活性.综上所述,龙眼DlAGO1基因启动子可以驱动下游GUS基因的表达,DlAGO1基因参与ABA等激素的响应,可能参与抗逆应答机制,结果可为进一步分析该基因的激素应答和抗逆机制奠定基础.(图7表1参31) | 陈荣珠 王小平 申序 林争春 赖钟雄 | 2022 | 应用与环境生物学报2022，28，2： | 1 |
| 14 | 龙眼MSIL全基因组鉴定及表达分析显示文摘MSIL(Muliticopy suppressor of IRA homolog1-Like)基因是WD重复蛋白的一个亚家族,在植物生长发育过程中发挥重要的作用。为了解龙眼MSIL(DlMSIL)基因家族的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析法对DlMSIL基因成员进行鉴定,并进行蛋白质结构及理化性质分析、系统发育进化树构建、启动子顺式作用元件分析、龙眼体胚阶段和不同组织器官表达情况以及GA3处理下的定量表达分析。结果表明:DlMSIL基因家族含有6个成员属于WD40和CAF1C_H4-bd超家族,可分为3类;DlMSIL蛋白编码393~551 aa,等电点为4.68~7.62,该家族成员均不属于分泌蛋白;基因家族成员的内含子数目在4~14之间;DlMSIL启动子序列包含大量非生物胁迫响应元件及MYB结合位点,推测DlMSIL基因家族可能参与多种非生物胁迫反应;DlMSIL可能参与不同胚胎的发育过程和不同组织器官的形态建成。GA3处理下的表达分析显示高浓度时,DlMSI1a与DlMSI1c的表达受到了一定的抑制,而DlMSI4a的表达量呈现先下降后上升再下降的趋势,推测DlMSIL可能参与激素响应途径。本研究表明,DlMSIL基因家族成员可能参与胚胎发育、激素信号通路以及非生物胁迫反应等多种生物学功能,体现了龙眼MSIL基因家族功能具有多样性。 | 许小琼 陈晓慧 申序 徐小萍 林玉玲 赖钟雄 | 2019 | 热带作物学报2019，40，10： | 1 |
| 15 | 龙眼LSD1/JmjC基因家族的全基因组鉴定、分子进化及体细胞胚胎发生早期的表达显示文摘组蛋白去甲基化修饰是染色质修饰中组蛋白修饰的一种重要方式.赖氨酸特异的去甲基化酶(lysine-specific demethylase1,LSD1)和Jumonji C(JmjC)结构域包含蛋白作为两种组蛋白去甲基化酶,被报道与植物营养生长、生殖发育和疾病抗性有关.然而,组蛋白去甲基化修饰酶LSD1/JmjC在龙眼中的功能仍不清楚.使用龙眼‘红核子’品种早期体细胞胚胎发生的胚性愈伤组织(embryogenic callus,EC)、不完全胚性紧实结构(incomplete embryogenic compact structures,ICpEC)和球形胚(globular embryos,GE)为材料,通过生物信息学和实时荧光定量(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)方法分析DILSD1/DIJmjC基因在龙眼早期体细胞胚胎发生中的作用.结果显示,龙眼基因组存在4个DILSD1基因和18个DIJmjC基因,进化树分析显示这些基因被分为LSD1、KDM3/JMJD1、KDM4/JMJD2、KDM5/JARID和JmjC domain only组.全基因组或片段复制事件被确定在DILSD1/DIJmjC基因家族扩大的进程中发挥重要的作用,而同线性分析和系统发育比较为DILSD1/DIJmjC基因的进化特征提供更深的认识.蛋白-蛋白互作预测显示,DIJMJ11、DIJMJ12和DIJMJ13蛋白具有较强的相关性,启动子分析也发现,D/LDL1、DIJMJ11、DIJMJ12、DIJMJ14、DIJMJ16-1、DIJMJ17和DIJMJ32等基因存在较多的胁迫和激素响应元件,暗示它们在胁迫和激素调控网络中的重要作用.转录组数据和qRT-PCR分析的表达谱显示:从龙眼EC分化到GE,DIJMJ14和DIJMJ17表达显著逐渐上调,但DIJMJ26和D/LDL1显著逐渐下调:DIJMJ11、DIJMJ12、DIJMJ14、DIJMJ17和D/LDL1均响应水杨酸(salicylic acid,SA)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)调控,而DIJMJ12和D/LDL1也被脱落酸(abscisic acid,ABA)和赤霉素(gibberellin A3,GA3)抑制表达,且DIJMJ11、DIJMJ14、DIJMJ17和D/LDL1均在SA和MeJA处理4 h表达量显著上调;DIJMJ11、DIJMJ12、DIJMJ17和D/LDL1均响应低温调控,它们中的DIJMJ11和D/LDL1响应高温调控,DIJMJ12和DIJMJ17被高温抑制表达.本研究表明相比DIJmjC在进化上存在一定保守性,DILSD1存在进化上的高度保守,且DILSD1/DIJmjC可能通过响应激素和非生物胁迫调控来参与龙眼体细胞胚胎发育和发生过程. | 申序 陈晓慧 陈荣珠 徐小萍 李晓斐 倪珊珊 张婧 蒋梦琦 林玉玲 赖钟雄 | 2021 | 应用与环境生物学报2021，27，5： | 1 |
| 16 | 龙眼UGT家族全基因组鉴定、功能预测及表达模式显示文摘植物中糖基转移酶(UDP-glycosyltransferases,UGTs)糖化各种植物激素和代谢物以应对生物和非生物胁迫.对龙眼UGTs(DlUGTs)家族进行全基因组鉴定,对各成员理化性质、系统发育进化树、基因结构、染色体定位、保守基序、全基因组共线性进行预测分析,并结合转录组对DlUGTs在龙眼体胚发育胚性愈伤组织(EC)、不完全胚性紧实结构(ICpEC)和球形胚(GE)3个阶段的表达模式进行分析.结果显示,DlUGTs家族共有167个成员.系统发育进化树分析发现这些成员分布于15个组中.蛋白保守基序分析发现所有成员均包含保守motif 1(PSPG-box)且同组成员的motif分布高度相似.对DlUGTs家族成员的基因结构进行分析,发现其内含子数目在0-4之间.启动子顺式作用元件分析发现,各成员启动子区包含众多响应生物与非生物胁迫的作用元件,如光、温、激素等.染色体定位分析发现DlUGTs家族成员分布在14条染色体上,33个成员定位在chr14.对DlUGTs在EC-ICpEC-GE阶段的表达模式分析发现共138(83%)个成员在3个阶段检测到表达量,其中7个成员在EC-ICpEC-GE阶段呈持续上调表达.本研究通过预测分析发现DlUGTs家族成员具备功能多样性,可能在龙眼应对胁迫、细胞代谢及体胚发育过程中发挥作用,结果可为UGT关键基因的进一步筛选和表征提供理论依据. | 刘蒲东 张舒婷 申序 李晓斐 赵桦 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 陈振光 王晶 赖钟雄 | 2021 | 应用与环境生物学报2021，27，6： | 1 |
| 17 | 龙眼miR167家族分子特性及其潜在靶标在体胚发生早期的表达模式显示文摘为了解miR167家族成员的分子特性及其可能互作的靶标在龙眼体胚发生早期的调控机制,采用生物信息学分析方法进行龙眼miR167基因家族序列分析、二级结构预测、分子进化树分析、靶基因预测及其靶标特异表达的FPKM值分析,并采用实时荧光定量PCR技术(quantitave real-time PCR,qPCR)检测miR167家族在体胚发生早期的转录水平.结果显示,龙眼miR167前体序列存在一个长为20 nt的重叠区域,miR167b的中间序列区域和3’端与此区域存在多个碱基差异;龙眼miR167前体成员均能形成茎环结构,且最小折叠自由能介于-79.95--46.90 Kal/mol之间;分子进化树显示龙眼miR167前体成员分别与番木瓜(Carica papaya)、番茄(Solanum lycopersicum)、高粱(Sorghum bicolor)和大豆(Glycine max)亲缘关系最近,miR167a、c、d、f在成熟体进化树中聚于同一支,靶标预测结果显示它们可能调控6个相同的靶基因,即E3泛素连接酶BIG BROTHER(BB)、AIRP2,MYB转录因子和生长素应答因子(ARF6、ARF8、ARF6-3),miR167b则单独分布于另一支中,并可能调控2个特异靶标,即赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)和细胞周期素(cyclin-C1-2-like);qPCR结果显示dlo-miR167a、c、d的表达均呈上调趋势,dlo-miR167d、f在3个阶段的表达水平较低;FPKM值显示ARF6/8、BB在体胚发生早期的表达模式与dlo-miR167a、c、d趋于一致,与AIRP2呈负相关.本研究表明在体胚发生早期ARF6/8和BB可能不受龙眼miR167的靶向调控,miR167可能通过靶向AIRP2参与早期体胚发生的形态建成,提示龙眼miR167基因功能的协同性和独立性并存.(图9表3参54) | 王静宇 申序 陈晓慧 徐小萍 张舒婷 苏立遥 林玉玲 赖钟雄 | 2021 | 应用与环境生物学报2021，27，1： | 0 |
| 18 | 毕节市南瓜产业发展的现状及对策显示文摘多年的生产实践表明,贵州省毕节市适宜南瓜种植。在各级政府的支持和市场供需的引导下,经过5年的发展,南瓜已成为毕节市重要的农业经济作物之一,南瓜生产取得了较好的经济效益,但随着毕节市南瓜种植规模的不断扩大并趋于稳定,影响南瓜生产持续稳定发展的问题日益凸显。该文介绍了毕节市南瓜产业的发展现状和发展南瓜产业的主要优势,总结了精种精管观念不强、产业设施配套不足、主体引领水平不高、科技支撑能力不强等南瓜产业发展存在的主要问题,并提出了完善设施、加强技术服务、畅通销路、增强主体引领作用等发展对策。 | 黄健华 周金忠 郭萍 申序 牟东岭 | 2024 | 上海蔬菜2024，，2： | 0 |
| 19 | 毕节市辣椒引种比较试验显示文摘为筛选出适合在贵州毕节地区种植的优质高产、符合当地气候条件和消费习惯的辣椒品种,作者引进15个辣椒品种开展了比较试验。试验结果表明,万里长椒的始收期较早(较其他品种提早10~20 d)、每667 m^(2)产量达4 000 kg,二荆条的全生育期较长(193 d)、产量较高(每667 m^(2)产量达4 608 kg),适合在毕节地区生长发育,且符合本地消费者的食用习惯,可在毕节地区大力推广种植;单身香辣和真辣8号属于满天星系列品种,虽然产量不高,但市场行情好,收益可观,且抗病性和耐热性强,可在夏季继续开展试验示范进一步验证其生长表现,建议可在低海拔区域小面积示范种植。 | 王慧 申序 徐海艳 黄会 | 2023 | 上海蔬菜2023，，5： | 0 |
| 20 | 龙眼miRNA合成途径相关基因的鉴定及表达分析显示文摘为了解龙眼miRNA合成途径相关基因的生物学功能,本研究依据龙眼第3代基因组数据对龙眼miRNA合成途径相关基因进行了鉴定和生物信息学分析,并利用龙眼转录组对其在体胚发生早期定量表达进行分析。研究结果如下:共鉴定到12条龙眼miRNA合成途径相关基因,分别是DlDDL1、DlDDL2、DlDDL3、DlDCL1、DlSE、DlHYL1a、DlHYL1b、DlHYL1c、DlCBP20、DlCBP80、DlHEN1、DlHASTY。这些基因编码的氨基酸数目400~1000 aa,蛋白分子质量23.92~220.25 kDa;大部分蛋白均为酸性蛋白,所有蛋白均为不稳定蛋白,除DlHASTY外,其余蛋白均为亲水性蛋白;基因结构分析表明,各成员内含子数目差别较大,为2~23个;所有成员均含有保守结构域,数目差别较大,为1~7个;启动子顺式原件分析显示,基因启动子区域均含有大量光反应元件及激素响应元件;蛋白互作预测分析显示龙眼miRNA合成途径相关基因具有较强的互作关系。对龙眼体胚发生早期过程中表达分析显示,各基因在EC阶段具有较高的转录水平。本研究表明:龙眼miRNA合成途径相关基因可能参与龙眼体胚发育早期进程且在EC阶段发挥重要作用,同时响应多种激素应答及非生物胁迫,推测其在生物学功能方面具有多样性和差异性。 | 霍雯 陈晓慧 徐小萍 申序 李晓斐 赖钟雄 | 2021 | 热带作物学报2021，42，6： | 0 |
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