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1植物MYB转录因子功能及调控机制研究进展显示文摘MYB转录因子是植物中数量最大、功能最多样的转录因子之一,在众多生命过程中扮演重要的角色,已成为当前植物基因功能及表达网络调控研究的热点。结合最新研究进展,综述了植物MYB转录因子家族的进化,并着重阐述了生物学功能及表达调控,为进一步分析功能未知的植物MYB转录因子提供参考。左然 徐美玲 柴国华 周功克 2012生命科学2012,24,10:35
2Genomic Survey and Expression Profiling of the MYB Gene Family in Watermelon显示文摘Myeloblastosis(MYB)proteins constitute one of the largest transcription factor(TF)families in plants.They are functionally diverse in regulating plant development,metabolism,and multiple stress responses.However,the function of watermelon MYB proteins remains elusive to date.Here,a genome-wide identification of watermelon MYB TFs was performed by bioinformatics analysis.A total of 162 MYB genes were identified from watermelon(Cla MYB).A comprehensive overview of the Cla MYB genes was undertaken,including the gene structures,chromosomal distribution,gene duplication,conserved protein motif,and phylogenetic relationship.According to the analyses,the watermelon MYB genes were categorized into three groups(R1R2R3-MYB,R2R3-MYB,and MYB-related).Amino acid alignments for all MYB motifs of Cla MYBs demonstrated high conservation.Investigation of their chromosomal localization revealed that these Cla MYB genes distributed across the 11watermelon chromosomes.Gene duplication analyses showed that tandem duplication events contributed predominantly to the expansion of the MYB gene family in the watermelon genome.Phylogenetic comparison of the Cla MYB proteins with Arabidopsis MYB proteins revealed that watermelon MYB proteins underwent a more diverse evolution after divergence from Arabidopsis.Some watermelon MYBs were found to cluster into the functional clades of Arabidopsis MYB proteins.Expression analysis under different stress conditions identified a group of watermelon MYB proteins implicated in the plant stress responses.The comprehensive investigation of watermelon MYB genes in this study provides a useful reference for future cloning and functional analysis of watermelon MYB proteins.XU Qing HE Jie DONG Jianhui HOU Xiaojin ZHANG Xian 2018Horticultural Plant Journal2018,4,1:14
3粘液繁殖体种子的粘液质形成、分泌及释放相关基因显示文摘种皮粘液质是在种皮外层细胞的高尔基体内产生并分泌到胞腔内或细胞壁层的一种果胶类多糖物质.当干燥种子遇水后,粘液质即刻被释放形成透明胶质并完全包被整个种子.粘液质对种子的扩散定居、种子萌发以及幼苗的存活和生长均具有重要作用.粘液质作为一种模型研究细胞壁的产生及其形成的分子机制已经成为植物种皮发育与环境变化相适应关系的研究热点.本文主要对以拟南芥为代表的粘液质细胞和调控粘液质形成及释放相关基因的研究进展进行了综述,并对今后的研究方向进行了展望,以期为促进具粘液繁殖体植物的理论与应用研究,以及西部荒漠区的植物物种多样性保护提供科学依据.袁军文 兰海燕 2011中国生物化学与分子生物学报2011,27,2:6
4葡萄MYB基因家族及其对花器官性别分化调控的分析显示文摘[目的]了解MYB基因家族,初步探索MYB基因家族与葡萄花器官性别分化的关系,为进一步研究葡萄花器官性别分化提供依据。[方法]以盛花期(花冠已脱落)的‘北醇’葡萄两性花、‘520A’葡萄单雄花和‘1316C’葡萄单雌花为试材,每个样本设置3组生物学重复,提取RNA进行转录组测序分析,从而进一步进行生物信息学分析。[结果]4个基因在不同性别花器官的基因组中均表达且VIT_14s0066g01090基因的表达量最高。VIT_13s0067g01630基因和VIT_12s0059g00700基因在‘520A’葡萄单雄花中的表达量均极显著高于‘北醇’葡萄两性花和‘1316C’葡萄单雌花,且在‘北醇’葡萄两性花和‘1316C’葡萄单雌花中的表达量无显著差异。VIT_19s0015g01280基因在‘1316C’葡萄花中的表达量最高且极显著高于‘北醇’葡萄两性花,与在‘520A’葡萄单雄花中的表达量无显著差异。通过系统进化树发现,VIT_19s0015g01280与AtMYB80聚为一支。启动子元件分析表明:4个MYB基因均含有多个光响应调控元件、参与胚乳表达的顺式调控作用元件、与分生组织特定激活有关的顺式调控作用元件以及多种诱导响应元件等与性别分化相关的顺式元件。[结论]初步确定MYB基因家族部分基因参与调控葡萄花器官性别分化形成,是调控花器官性别分化的的候选基因,为进一步研究葡萄花器官性别分化提供理论参考。焦晓博 罗尧幸 赵伟 刘榕晨 李雪雪 纪薇 2018山西农业大学学报(自然科学版)2018,38,5:6
5基于不同颜色山楂花MYB家族的挖掘与比较分析显示文摘为了研究MYB转录因子家族对山楂花色的影响,明确MYB转录因子在花色芽变品种中的表达情况,采用MYB蛋白质理化性质分析、motif结构预测、基因进化树分析以及基因表达量分析等方法对转录组数据进行深度挖掘。结果表明,共筛选出73个MYB转录因子,其中35个1R-MYB成员、36个2R-MYB成员、2个3R-MYB成员。1R-MYB蛋白序列的长度在50~786个氨基酸之间,2R-MYB蛋白序列长度在88~979个氨基酸之间,且仅有3个MYB基因家族蛋白为稳定蛋白。以拟南芥2R-MYB蛋白为参考进行系统进化树分析,19个山楂2R-MYB蛋白被分入14个已有一定研究基础的亚组中;1R-MYB蛋白进行单独分析,被分为6个亚组。通过差异表达分析,发现8个可能调控山楂花色的MYB转录因子。本研究结果为进一步研究影响山楂花色的MYB转录因子提供了一定的参考数据。李戌彦 杨忠义 纪薇 杨明霞 2021核农学报2021,35,1:6
6拟南芥和芥菜开花抑制因子AGL18花期调控机制研究进展显示文摘十字花科作物开花主要受低温春化途径、光周期途径、自主途径和赤霉素途径的信号因子调节,但这些开花信号因子均汇集到开花整合子路径,最终调控开花时间。MADS家族在该发育途径中起着至关重要的作用,最近发现AGL18是一个与开花整合子关系密切的MADS家族成员。综述了拟南芥和芥菜等十字花科作物AGL18在开花途径中的作用及其开花调控分子机制,并展望AGL18开花转变调控的研究方向,为十字花科蔬菜的成花转变及产品器官发育等分子调控提供借鉴。李昌满 李朝闯 王志敏 宋明 汤青林 2017园艺学报2017,44,9:5
7基于RNA-Seq的茶树CsMYB生物信息学分析显示文摘作为植物中最大的转录因子家族之一,MYB参与多种生物学过程,本研究基于RNA-Seq技术,对获得的一条茶树MYB Unigene,将其命名为CsMYB。采用生物信息学的分析方法,对CsMYB基因片段氨基酸序列同其它植物间相应片段进行同源性和系统进化分析,并进行该基因编码蛋白的理化性质和结构功能预测,结果表明:CsMYB基因编码的蛋白含315个氨基酸,是一种亲水性蛋白,定位于其它细胞器,该蛋白不存在信号肽,是一种非分泌蛋白;其编码的氨基酸序列与葡萄的同源关系较近,与豆科植物的同源关系较远;功能结构分析表明其20~127位氨基酸之间含2个保守的HTH-MYB类型结构域,归属于R2R3-MYB家族;二三级结构分析表明CsMYB主要由无规则卷曲和α-螺旋组成,空间结构主要是螺旋和转角。分析茶树基因组MYB基因的表达模式,发现不同茶树品种间大部分差异MYB基因表达呈显著上调趋势,少部分下调表达。罗勇 欧淑琼 陈丝 石玉兰 郑楚楚 刘仲华 王坤波 黄建安 2017分子植物育种2017,15,6:5
8金花茶花瓣转录组分析及花瓣发育调控基因挖掘显示文摘花瓣大小是影响金花茶(Camellia nitidissima)观赏价值的主要因素之一,但金花茶花瓣发育形成机制尚不清楚。将金花茶花瓣发育过程划分为幼蕾期(S1)、初蕾期(S2)、显色期(S3)、半开期(S4)、盛开期(S5)五个阶段,利用RNA-seq技术分析花发育过程中转录组的动态变化,以期对金花茶花瓣发育形成的转录机理进行初步探究。通过对金花茶花瓣发育过程中的差异表达基因进行富集分析和趋势分析,发现生长素转导途径所含差异表达基因数量最多,部分AUX1/LAX共转运体、AUX/IAA基因、SAUR等生长素应答基因在开花过程中明显上调,表明生长素是调控花瓣生长重要的调控因子。MYB、bHLH、锌指蛋白等转录因子、木葡聚糖内糖基转移酶/水解酶(XTH)、果胶酯酶(PE)、果胶裂解酶(PL)等部分下游功能基因,其中XTH显著富集于GO分类中的水解酶活性,表明它们可能对金花茶花瓣的生长起重要调控作用。此外,对FT、SOC1、AP3、PI、SEP3等开花调控关键基因在金花茶花瓣发育过程中的表达情况进行了分析,结果表明这些基因主要以中低表达为主。高表达基因进行KEGG富集分析结果表明,次生代谢物质合成伴随着金花茶花瓣的整个发育过程。这些结果为进一步揭示金花茶花瓣发育的转录调控机制奠定了理论基础。李博 刘合霞 刘秦 周兴文 2021植物研究2021,41,4:4
9灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析显示文摘目的基于前期对灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides转录组测序结果,从灰毡毛忍冬RNA中克隆灰毡毛忍冬MADS-box基因家族蕾期延长相关基因AGL15,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对灰毡毛忍冬总RNA进行反转录酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和c DNA末端快速扩增反应(rapid amplification of c DNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行同源性分析和相似性比较,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。运用半定量PCR测得该基因在灰毡毛忍冬不同部位的表达情况。结果获得AGL15基因,ORF长795 bp,编码264个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera中MADS-box基因家族AGL15基因相似性最高,且包含MADS和K-box的保守序列。AGL15蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,在灰毡毛忍冬各部位均有表达。结论首次从灰毡毛忍冬中克隆得到可能控制蕾期延长的基因,分析了其在灰毡毛忍冬不同部位表达差异性,为灰毡毛忍冬蕾期延长研究提供参考。易刚强 蔡嘉洛 朱贻霖 陈林 樊悦 刘峰 张亚丽 欧阳琳 刘湘丹 童巧珍 2016中草药2016,47,4:4
10番茄茸毛相关基因ShMYB1的克隆与表达分析显示文摘番茄茸毛具有多种生物学功能,为了探究番茄中控制茸毛的基因,本研究采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)从野生种多毛番茄(Solanumhabroc haites)LA1777中,获得了一个与茸毛相关的R2R3 MYB Subgroup 9家族新成员EST241733的全长编码区cDNA序列,命名为ShMYB1。经生物信息学分析,克隆的ShMYB1基因长1350bp,编码338个氨基酸。该基因具有保守的R2R3MYB结构域和Subgroup 9特异motif序列。荧光定量PCR结果表明,ShMYB1基因在番茄叶和花中表达量高,在根、茎、果实中没有表达。在不同发育时期的叶片中表达量差异不大,但是在幼花蕾表达量最高,随花蕾的增大,表达量显著降低。在几个番茄茸毛突变体与对应的野生型中,这个基因表达量存在明显差异。推测该基因与番茄表皮茸毛发生和花发育有关。王涛涛 Maarten A.Jongsma 余楚英 李汉霞 张俊红 杨长宪 叶志彪 2011农业生物技术学报2011,19,3:3
11扁桃AcAGL15基因的克隆及植物表达载体构建显示文摘以新疆栽培扁桃品种‘双果’为材料,通过RT-PCR技术克隆得到一个AGL15转录因子编码基因,命名为Ac AGL15,GenBank登陆号为KU167496。通过生物信息学分析,该基因序列全长765 bp、编码255个氨基酸多肽,为不稳定的亲水性蛋白,推测蛋白分子质量为28.77 k D,亚细胞定位于细胞核中,分析表明该基因有保守的MADS box和K-box结构域。通过PCR和双酶切验证,显示植物表达载体构建成功,为后续该基因功能的研究提供了帮助。王敏 李疆 代培红 罗淑萍 李鹏 陈婷婷 郭淑朋 2016分子植物育种2016,14,10:3
12拟南芥灰霉病抗性相关转录因子显示文摘病原菌的侵染激发植物大量防御响应基因的表达,其中转录因子在协调庞大的抗病防御网络中发挥重要作用。灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)是最具破坏力的死体营养型病原真菌之一,在农业生产上造成严重的经济损失。文章综述了ERF(Ethylene response factors)、WRKY、MYB等家族中参与灰霉病防御反应的转录因子的功能研究进展。转录因子通过复杂的mRNA或蛋白水平的互作方式构成了精细的调控网络,以激活下游防卫基因的表达,从而诱导抗病反应。一部分转录因子是协调不同激素信号通路交叉响应的重要节点和调节器,将植物抵御不同类型病原菌的分子机制联系起来。对这类转录因子的研究将为研究植物其他病原菌防御机制提供线索,另外深入理解抗病机制将有助于研究者在作物改良和保护中更高效地利用抗病基因。张国斌 张喜贤 王云月 杨红玉 2013遗传2013,35,8:2
13玉米R2R3型MYB转录因子家族生物学功能综述显示文摘MYB转录因子是最大的植物转录因子家族成员之一,在调控植物次生代谢,控制细胞形态建成,以及在赤霉素(GA)信号转导中都有重要的作用。文章对玉米R2R3型MYB转录因子的结构特征和生物学功能的研究进展进行综述,为进一步开展玉米中R2R3型MYB基因的克隆、功能研究和利用提供参考。戴毅 高莹莹 黄泽峰 陈云 高勇 2013江苏农业科学2013,41,3:2
14In Silico search and biological validation of MicroR171 family related to abiotic stress response in mulberry(Morus alba)显示文摘miR171 belongs to a highly conserved and ubiquitously expressed micro RNA gene family across species that play a critical role in controlling plant growth and development through the regulation of the miR171-SCL(scarecrow-like proteins)module.There is limited research available on the evolutionary relationship and functional diversification of miR171 members.In this study,we identified eight miR171 genes in the mulberry genome by bioinformatics analysis that were subsequently used to compare the evolutionary levels and explore abiotic stress mechanisms mediated by mno-miR171s(Morus notabilis miR171s).The results of phylogenetic analysis showed that the mature mno-miR171 sequences have strong sequence conservation,but their critical sites also exhibit high variation leading to functional diversification.Through quantitative real-time PCR,the expression profile of each mno-miR171 was analyzed under different stress treatments.All mno-miR171s,apart from mnomiR171h,were found to be significantly up-regulated under salt and drought stress conditions.The target genes of mno-miR171a namely,Morus020885 and Morus011800,were predicted and verified using the plural RNA method.5-rapid amplification of complementary DNA ends assays further to reveal that the target genes could be degraded by mno-miR171a post-transcriptionally.Overexpression of mno-miR171a in Arabidopsis improved the percentage of seed germination when the seeds were grown in NaCl-and mannitol-containing media.Transgenic plants were observed to grow better under drought conditions.The expression of various stress genes was significantly higher in transgenic plants than in wild type,except ERF11.Taken together,our study confirmed that mno-miR171a enhanced plant resistance to adverse stress environments via the regulation of the SCL targets.Zhichao Sun R.M.Saravana Kumar Jisheng Li Guiming Yang Yan Xie 2022Horticultural Plant Journal2022,8,2:2
15澳洲坚果MiMYB2基因克隆及结构与功能分析显示文摘为研究R2R3-MYB转录因子家族成员在澳洲坚果生长发育和产量形成中的作用机制,利用PCR技术从澳洲坚果品种“桂热一号”叶片中克隆MiMYB2基因并采用生物信息学对其结构及功能进行分析。结果表明,克隆获得的MiMYB2(NCBI登录号:MN254976)基因cDNA序列全长1210 bp,开放阅读框(ORF)1002 bp,编码333个氨基酸。MiMYB2编码一个无跨膜结构、无信号肽且定位于细胞核的不稳定亲水蛋白,含两个SANT保守结构域,属于R2R3-MYB家族。BLAST分析发现MiMYB2与荷花NnMYB3-like氨基酸序列同源性最高。系统进化分析将MiMYB2与AtMYB17、AtMYB106和AtMYB16聚类为S9亚族。通过转录组数据分析MiMYB2基因在“桂热一号”和“695”品种澳洲坚果枝条、花和叶片中的表达模式,表明MiMYB2在“桂热一号”品种花中的表达量最低,“695”品种花中的表达量最高。推测MiMYB2与澳洲坚果花生长发育密切相关。本研究为阐明MiMYB2基因在澳洲坚果生长发育和产量形成中的作用机制提供理论参考。王文林 陈海生 郑树芳 樊松乐 王立丰 谭秋锦 覃振师 黄锡云 贺鹏 汤秀华 许鹏 2020植物研究2020,40,6:2
16辣椒R2R3-MYB转录因子的全基因组鉴定及响应疫霉菌的表达模式分析显示文摘MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与多种生理生化过程。为探讨辣椒(Capsicum annuum)MYB转录因子家族功能,本研究对辣椒R2R3-MYB转录因子家族进行全基因组鉴定和生物信息学分析,并利用转录组技术检测辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici)对该家族成员基因转录水平的影响。结果显示,辣椒基因组中共鉴定出102个R2R3-MYB类转录因子,在各条染色体上均有分布。系统进化树分析发现,辣椒R2R3-MYB可分为11个亚家族,其中Ⅺ亚家族的保守结构域、共有基序和基因结构与其他亚家族有明确的区别;保守结构域包括差异显著的2类,每个类别中的保守结构域高度相似;R2R3-MYB基因结构在亚家族间有明显区别;辣椒基因组中有5对来自串联复制的同源R2R3-MYB基因;与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)R2R3-MYB基因进行系统发生分析,102个辣椒R2R3-MYB转录因子可分为22个亚家族。上述结果表明,R2R3-MYB蛋白最初通过基因组复制、内含子插入和结构域改组而多样化,但在随后的植物进化过程中相对保守。进一步利用辣椒转录组数据分析R2R3-MYB基因的表达模式,发现部分R2R3-MYB转录因子能够响应疫霉菌的侵染,多个R2R3-MYB基因在抗病品种中上调表达,提示疫霉菌可诱导MYB转录因子的表达。本研究为深入探讨辣椒R2R3-MYB转录因子家族参与疫霉菌抗性的机制提供参考依据。赫卫 张慧 2021农业生物技术学报2021,29,4:2
17茶树儿茶素合成相关MYB转录因子生物信息学分析显示文摘从茶树(Camellia sinensis)转录组数据库中获得6个与儿茶素合成相关的MYB转录因子,对其进行蛋白理化性质与结构功能预测、核定位信号和蛋白保守结构域分析,通过同源分析构建系统发育树。结果表明,与儿茶素合成相关的6个MYB蛋白都属于亲水性的非分泌蛋白,定位在叶绿体、线粒体和细胞核上,其空间结构主要是α-螺旋和β-转角;保守结构域的分析发现除了comp159173_c0基因,其余5个都属于SANT超家族基因成员。系统进化树显示6个MYB蛋白形成4个分支,显示出各自间较远的亲缘关系。差异表达分析的结果进一步证实了6个MYB转录因子与儿茶素合成代谢的相关性。张玥 胡雲飞 王树茂 柯子星 林金科 2018茶叶科学2018,38,2:2
18Differential regulation of triterpene biosynthesis induced by an early failure in cuticle formation in apple显示文摘Waxy apple cuticles predominantly accumulate ursane-type triterpenes,but the profile shifts with the induction of skin russeting towards lupane-type triterpenes.We previously characterised several key enzymes in the ursane-type and lupane-type triterpene pathways,but this switch in triterpene metabolism associated with loss of cuticle integrity is not fully understood.To analyse the relationship between triterpene biosynthesis and russeting,we used microscopy,RNA-sequencing and metabolite profiling during apple fruit development.We compared the skin of three genetically-close clones of‘Golden Delicious’(with waxy,partially russeted and fully russeted skin).We identified a unique molecular profile for the russet clone,including low transcript abundance of multiple cuticle-specific metabolic pathways in the early stages of fruit development.Using correlation analyses between gene transcription and metabolite concentration we found MYB transcription factors strongly associated with lupane-type triterpene biosynthesis.We showed how their transcription changed with the onset of cuticle cracking followed by russeting and that one factor,MYB66,was able to bind the promoter of the oxidosqualene cyclase OSC5,to drive the production of lupeol derivatives.These results provide insights into the breakdown of cuticle integrity leading to russet and how this drives MYB-regulated changes to triterpene biosynthesis.Luigi Falginella Christelle M.Andre Sylvain Legay Kui Lin-Wang Andrew P.Dare Cecilia Deng Ria Rebstock Blue J.Plunkett Lindy Guo Guido Cipriani Richard V.Espley 2021Horticulture Research2021,8,1:1
19灰毡毛忍冬MYB转录因子家族成员的挖掘及鉴定显示文摘MYB转录因子作为最大的转录因子家族之一,在调控花发育过程中起到重要作用。该文首次从灰毡毛忍冬转录组数据中鉴定出3条1R-MYB,47条R2R3-MYB,2条3R-MYB和1条4R-MYB转录因子,对其理化性质、保守结构域、家族进化关系及蛋白结构、功能信息及表达进行分析。结果表明,不同品种灰毡毛忍冬中53个MYB转录因子家族成员基因在保守基序、蛋白理化性质及结构、功能等各有不同,表明其在进化中具有保守性和多样性。表达分析表明LmMYB在品种间(野生型、湘蕾型)及器官间(花、叶)均存在转录水平上的显著差异,且部分基因特殊表达。在53条LmMYB中有43条在花、叶中均有表达,其中9个LmMYB成员在2个品种灰毡毛忍冬中在转录水平上存在显著差异,且在野生品种中上调表达。结合家族进化分析和表达分析推测LmMYB蛋白主要在生长发育、逆境胁迫、类黄酮次生代谢等方面发挥重要转录因子调控功能。该研究结果为后续研究灰毡毛忍冬MYB转录因子家族具体功能机制提供了理论基础和参考依据。曾娟 龙雨青 付学森 王玲 刘紫璇 周日宝 刘湘丹 2023中国中药杂志2023,48,8:1
20荔枝果皮MADS-box基因的克隆与初步表达分析显示文摘采用RT-PCR结合RACE技术从‘糯米糍’荔枝果皮中克隆到了1个1 208 bp的MADS-box基因,命名为LcMADS9。该基因包含1个738 bp的完整的开放阅读框,编码245个氨基酸,具有典型的MADS-box基因结构,其编码的蛋白与其它植物的MADS-box蛋白有较高的一致性,其中与欧洲白桦(Betula pendula)的同源性高达80%。系统发育树分析结果表明,LcMADS9基因属于MADS-box基因家族中AP1/SQUA-like亚家族。实时荧光定量PCR分析结果表明,该基因在叶片、果皮和花中均有表达,而在根、茎和果肉中几乎没有表达。肖靖 赖彪 赵志常 秦永华 胡桂兵 2012热带作物学报2012,33,3:1
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