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| 1 | 小麦tae-MIR156前体基因的克隆及其靶基因TaSPL17多态性分析显示文摘Squamosa-promoter binding protein(SBP)-box基因是植物特有的一类转录因子,广泛参与植物生长发育,其部分成员受miR156调控。文章克隆了小麦(Triticum aestivum)tae-MIR156前体基因,转录后能够形成茎环结构。小麦10个SBP-box基因中,仅TaSPL3和TaSPL17在编码区存在tae-miR156识别位点。SPL17在普通小麦的A基因组供体种乌拉尔图小麦(Triticum urartu,AA)UR209和B基因组供体种拟斯卑尔脱山羊草(Aegilops speltoides,BB)Y2001中均为多拷贝(SPL17-A1、SPL17-A2和SPL17-A3;SPL17-B1、SPL17-B2和SPL17-B3),在D基因组供体种粗山羊草(Aegilops tauschii,DD)Ae38中仅检测到一种序列(SPL17-D);SPL17-A2与SPL17-B2,SPL17-A3与SPL17-B3、SPL17-D两两之间序列的一致性程度均大于99%,且与普通小麦(中国春、衡观35和双丰收)的TaSPL17序列具有较高的一致性,提示它们可能来源于共同的祖先基因,并且在进化过程中高度保守。靶基因TaSPL17中的tae-miR156识别位点非常保守,在根据单株穗数和基因型多样性挑选的SubP1和SubP2群体中均未检测到tae-miR156识别位点存在变异碱基。 | 刘霞 张斌 毛新国 李昂 孙美荣 景蕊莲 | 2014 | 遗传2014，36，6： | 9 |
| 2 | 基于EST和GSS序列的玉米未知微RNA的数据挖掘显示文摘miRNAs通过与靶基因互补位点配对结合,在转录后水平负性调控靶基因的表达。根据miRNA进化上的保守性,以拟南芥、水稻等已知的植物miRNAs为探针,与相关数据库中玉米表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)中的非编码序列比对,采用一系列的标准进行筛选,最后预测得到24个玉米miRNA前体,通过靶基因的预测共得到61个靶基因。通过生物信息学方法大大提高了人们发现miRNAs及其靶基因的效率,补充了玉米miRNA数据库的不足。 | 李婧 熊莉丽 胡久梅 郭志云 | 2011 | 生物技术通报2011，27，12： | 7 |
| 3 | 核果类果树中microRNAs的生物信息学预测及验证显示文摘microRNA(miRNAs)是一类非编码小分子RNA,在植物生长发育、新陈代谢以及逆境生理中起重要作用。基于生物信息学的基因搜索和同源搜索,从NCBI数据库中登录的核果类果树的EST和GSS中寻找miRNAs。从核果类果树的107982条ESTs和48273条GSSs中搜寻到了11条miRNAs前体序列,编码11条成熟体序列,并预测到19个靶基因,分别编码与生长发育、新陈代谢和转录调节等相关的蛋白。利用miRbase数据库进一步分析表明:11条miRNAs属于8个microRNA家族,分别来自桃和梅,其大小为20~23bp,其中6条为21bp,而且ppe-miR162a和ppe-miR164f保守性最高。采用poly(A)RT-PCR方法随机对预测的ppe-miR156h,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a进行组织表达验证,发现ppe-miR156h在果梅花芽中表达,pmu-miR482,ppe-miR399a,ppe-miR171a在桃叶片中表达。 | 罗晓燕 侍婷 蔡斌 高志红 | 2012 | 林业科学2012，48，2： | 6 |
| 4 | 生物信息学在动脉粥样硬化特异性miRNA筛选中的应用研究显示文摘目前,生物信息学数据在分子生物学发展的基础上呈现较快的增长速度,因此动脉粥样硬化相关基因及转录后调控检测就显得异常重要。本研究以miRBase作为miRNA信息的主要来源,以Access作为数据库管理系统平台,运用生物信息学预测网站、软件miRanda,TargetScan,Pictar、microTar进行预测筛选。实际操作中,对引起动脉粥样硬化的三大学说中关键基因进行生物信息学预测、搜索,初步发现动脉粥样硬化中特异性miRNA,为临床动脉粥样硬化检测提供了较好的查询平台。 | 马长剑 | 2013 | 中国保健营养(下半月)2013，0，7： | 2 |
| 5 | 基于EST和GSS序列的茶树miRNA及其靶基因数据挖掘显示文摘microRNA(miRNA)是一类长19~24个碱基的小分子内源性非编码单链RNA,通过介导靶基因的裂解或抑制靶基因的翻译,在植物的发育、新陈代谢、应激响应等方面起着重要的调控作用,在进化上具有高度的保守性。据此本研究以miRBase注册的全部成熟植物miRNA序列为探针,基于NCBI数据库中茶树表达序列标签(EST)和基因组勘测序列(GSS)进行同源搜索和miRNA二级结构分析,总共发现7条茶树的miRNA,分属于6个不同的miRNA家族。通过靶基因的预测分析表明,这些miRNA可能调节28种靶标基因,功能涉及新陈代谢、生长发育、胁迫应答及转录,为茶树miRNA的试验鉴定和功能研究提供更详细精确的范围,为进一步探究茶树miRNA的调控机理奠定基础。 | 张玥 熊飞 胡雲飞 柯子星 房婉萍 | 2018 | 热带作物学报2018，39，10： | 1 |
| 6 | 蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)中miRNA的挖掘显示文摘从NCBI(National Center for Biotechnology Information)中下载了蒺藜苜蓿的小RNA高通量序列和降解组测序数据,对它们分别进行归一化处理;从miRBase中下载了已知的miRNA和pre-miRNA前提信息;从plantGDB中获得蒺藜苜蓿的cDNA序列。根据小KNA高通量测序信息,与pre—miRNA进行匹配,找到miRNA candidates,对其靶基因进行预测,并利用降解组高通量测序结果和T—plot靶基因进行预测,并利用降解组高通量测序结果和T-plot作图法进行验证。获得11个具有特定功能的靶基因对应的30个新miRNA。对这些靶基因进行文献挖掘后进一步分析miRNA新基因的调控功能,结果表明,这些miRNA新基因对蒺藜苜蓿的营养摄取、生长发育和抗胁迫应答具有重要的调控作用。为深入了解蒺藜苜蓿中miRNA调控网络和调控机理根供了重要信息和理论基础。 | 陈笑笑 于岚 邵朝纲 | 2015 | 科学与财富2015，0，3： | 0 |
| 7 | 基于建模的功能非编码RNA保守结构查询显示文摘许多研究已经证明了多种ncRNA的存在,并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构—功能关系,运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外,还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明:基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度;而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。 | 罗海琼 周嘉 蓝朝旺 陈庆锋 | 2013 | 广西大学学报(自然科学版)2013，38，6： | 0 |
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