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| 1 | 甘蔗几丁质酶基因的电子克隆与生物信息学分析显示文摘用电子克隆方法获得甘蔗几丁质酶基因SCCHI1,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:SCCHI1基因全长1236bp,包含一个完整的990bp的ORF,编码329个氨基酸。SCCHI1基因属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽、交连区、催化区,与高粱等其它植物的几丁质酶基因具有高度的相似性。为SCCHI1基因的分子克隆、功能鉴定和应用提供参考。 | 苏亚春 李国印 阙友雄 郭晋隆 徐景升 许莉萍 | 2011 | 生物信息学2011，9，4： | 17 |
| 2 | 甘蔗ATP合酶基因的电子克隆及生物信息学分析显示文摘目的:运用电子克隆的方法获得甘蔗中的ATP合酶基因。方法:以小麦中一个ATP合酶基因为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行聚类分析、拼接组装和延长。结果:获得一个ATP合酶基因SATPC1的cDNA序列全长,该序列长1 415bp,包含一个完整的1 077bp的ORF,编码358个氨基酸,且与水稻、玉米、高粱和葡萄等其他植物的ATP合酶具有高度的同源性。结论:电子克隆获得的cDNA序列为完整的甘蔗ATP合酶基因全长cDNA。 | 张云鹤 曹翠岩 邢慧清 黄赛楠 李玥莹 | 2013 | 生物技术2013，23，2： | 12 |
| 3 | 菊花rbcL基因电子克隆及生物信息学、适应性进化分析显示文摘目的:利用电子克隆技术获得菊花叶绿体中编码核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶大亚基rbcL基因,并对该电子克隆的菊花rbcL基因序列、编码氨基酸的特性及适应性进化进行分析。方法:根据相关文献,利用电子克隆方法克隆出菊花rbcL完整基因序列,对其进行生物信息学分析、结构建模和评价。结果:通过电子克隆获得菊花rbcL基因完整的开放阅读框序列,该系列长1 452bp,编码氨基酸483个。在预测电子克隆菊花rbcL基因编码蛋白的二级结构中,主要有α螺旋19个,β折叠18个。通过适应性进化分析找到7个氨基酸正选择位点(228S,255V,279T,309M,328S,439T,449T)。结论:电子克隆获得菊花rbcL基因的完整序列为以后实验研究提供一定的参考数据,对所编码的蛋白质适应性研究有利于探究对菊科植物适应环境的机制。 | 丁帅 熊勇 李正涛 王忠诚 孟亚媛 李乐 肖焱波 | 2015 | 种子2015，34，10： | 5 |
| 4 | 枣结果枝核糖体蛋白的生物信息学分析显示文摘应用生物信息学的方法对枣(Ziziphus jujuba Mill.)生长初期结果枝的cDNA文库ESTs进行了功能注释,查找核糖体蛋白基因,并对其氨基酸序列组成、基本理化性质、蛋白质二级结构、疏水性/亲水性及潜在磷酸化位点等进行了初步分析预测,旨在了解其结构特征,进而发掘枣树的优良基因。结果表明,625个ESTs中,有397个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复ESTs 77个);将320条ESTs通过KEGG数据库进行代谢分析,得到123条ESTs的62个代谢途径。对获得的枣树24个核糖体蛋白进行分析发现,其分子量在6 931.12~32 764.44之间,α-螺旋和无规则卷曲是其主要的结构元件,多肽链都表现为亲水性,磷酸化潜在位点普遍存在于核糖体蛋白多肽链中;并构建了24个核糖体蛋白的进化树,对其分子进化进行了探讨。 | 戎宏立 王长彪 李倩 孟玉平 曹秋芬 | 2013 | 山西农业科学2013，41，2： | 1 |
| 5 | In silico Cloning and Bioinformatics Analysis of OsARAB-1 Gene from Rice显示文摘[Objective] This study aimed to perform in silico cloning and bioinformatics analysis of OsARAB-1 gene from rice.[Method] Using NP 174188.1 as a query probe,the full-length cDNA sequence of OsARAB-1 gene was obtained by in silico cloning.The nucleotide sequence and protein sequence were analyzed by bioinformatics software.[Result] The full-length cDNA of OsARAB-1 gene was obtained.The coding sequence(CDS) of OsARAB-1 gene is 1 086 bp in length,encoding a protein of 361 amino acid residues.OsARAB-1 gene was located in the genome sequence NC 008398.2(6 769 813-6 773 213 bp segment) of rice chromosome 5 by in silico mapping.OsARAB-1 protein is an extracellular hydrophilic protein,which is relatively stable,slightly alkaline.The secondary structure of OsARAB-1 protein is mainly composed of α-helices and random coils.OsARAB-1 protein has two functional domains:SGNH hydrolase-type esterase and GDSL lipase.There are 21 phosphorylation sites and seven O-β-GlcN Ac glycosylation sites.The putative active-site amino acid residues are Ser34,Gly107,Asn167,Asp333 and His336,respectively.OsARAB-1 protein has the closest genetic relationship with esterase subtype B4FM12 from maize.The expression of OsARAB-1gene plays an important role in the development and morphogenesis of rice and is related with rice blast resistance.[Conclusion]This study laid a solid foundation for cloning and functional identification of OsARAB-1 gene with experimental methods. | Siyuan BAO Weidong LIU Dongbo LI | 2016 | Agricultural Biotechnology2016，5，2： | 0 |
| 6 | 牛DYRK2基因的电子克隆及生物信息学分析显示文摘以人DYRK2基因cDNA序列为探针,通过EST数据库进行同源性筛选,对牛DYRK2基因进行电子克隆。序列分析结果表明,牛DYRK2基因包含一个1 581 bp的开放阅读框架,共编码526个氨基酸;蛋白特征分析显示,牛DYRK2蛋白的分子式为C2632H4204N762O761S26,相对分子质量为59 532.5,理论等电点pI为9.53。结果表明牛DYRK2基因与羊、人等其他动物的DYRK2具有较高的一致性。 | 穆晓琨 字向东 | 2014 | 广东农业科学2014，41，6： | 0 |
| 7 | 水稻ARAB-1类似基因的电子克隆及生物信息学分析显示文摘[目的]对水稻OsARAB-1基因进行电子克隆,并对其进行生物信息学分析。[方法]以NP174188.1为查询探针,通过电子克隆获得OsARAB,1基因全长eDNA,用生物信息学软件对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析。[结果]获得了OsARAB.1基因全长eDNA,基因编码区序列(CDS)全长1086bp。电子定位于第五染色体基因组序列NC008398.2核苷酸序列6769813-6773213bp区域。OsARAB-1蛋白属于亲水性的胞外蛋白,比较稳定,偏碱性。二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主。具有2个功能结构域:SGNH水解酶型酯酶、GDSL脂肪酶。有21个磷酸化位点、7个糖基化住点。推定的活性位点的氨基酸残基为Ser34、Gly107、Asn167、Asp333、His336。与玉米酯酶亚型B4FM12亲缘关系最近。OsARAB-1基因的表达对水稻的发育和形态发生起重要作用,与水稻抗稻瘟病有关。[结论]该研究为用试验方法克隆该基因和功能鉴定奠定了基础。 | 鲍思元 刘卫东 李冬波 | 2015 | 安徽农业科学2015，43，31： | 0 |
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