Wolbachia pipientis wMel基因组水平上的密码子使用分析

查看全文 作　　者：[1,2]孙铮;[3]马亮;MURPHY [4,5]Robert;[6]张宪省;[1,3]黄大卫

机构地区：[1]山东农业大学植物保护学院,泰安271018;[2]黄岛出入境检验检疫局,青岛266555;[3]中国科学院动物研究所,北京100080;[4]DepartmentofNaturalHistory,RoyalOntarioMuseum,100Queen'sPark,Toronto,ONCanadaM5S2C6;[5]中国科学院昆明动物研究所遗传与进化国家重点实验室,昆明650223;[6]山东农业大学生命科学学院,泰安271018

出　　处：《中国科学(C辑)》索引2009年第39卷第10期,共6页

基　　金：国家自然科学基金(批准号:30570970和30770302);科学技术部科技基础性工作专项重点项目(批准号:2006FY110500);国家基础科学人才培养基金(批准号:NSFC-J0630964/J0109)资助 摘　　要：本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌Wolbachia pipientis wMel基因组的密码子使用模式,并推测影响其密码子组成的因素.选择了478条蛋白编码基因作为研究对象,它们的GC含量比较低,约0.282~0.432.本研究结果显示,关联突变(context-dependent mutation)是影响W.pipientis wMel基因组密码子组成的主要因素.同时,Nc—Plot曲线显示,基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性(nucleotide composition bias)的影响.对应分析的结果显示,基因长度(R=0.123,P〈0.01)和基因表达水平(R=-0.312,P〈0.01)也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用.因此,关联突变、核苷酸组成、基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性.Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性,而且现在已有报道说明它们有共同的起源,但仍需进一步验证. 关键词：Wolbaehia PIPIENTIS wMel 密码子使用对应分析关联突变

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