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| 1 | YTH Domain: A Family of N^6-methyladenosine (m^6A) Readers显示文摘Like protein and DNA, different types of RNA molecules undergo various modifications. Accumulating evidence suggests that these RNA modifications serve as sophisticated codes to mediate RNA behaviors and many important biological functions. N^6-methyladenosine(m^6 A)is the most abundant internal RNA modification found in a variety of eukaryotic RNAs, including but not limited to m RNAs, t RNAs, r RNAs, and long non-coding RNAs(lnc RNAs). In mammalian cells, m^6 A can be incorporated by a methyltransferase complex and removed by demethylases, which ensures that the m^6 A modification is reversible and dynamic. Moreover, m^6 A is recognized by the YT521-B homology(YTH) domain-containing proteins, which subsequently direct different complexes to regulate RNA signaling pathways, such as RNA metabolism, RNA splicing, RNA folding, and protein translation. Herein, we summarize the recent progresses made in understanding the molecular mechanisms underlying the m^6 A recognition by YTH domaincontaining proteins, which would shed new light on m^6 A-specific recognition and provide clues to the future identification of reader proteins of many other RNA modifications. | Shanhui Liao Hongbin Sun Chao Xu | 2018 | Genomics, Proteomics & Bioinformatics2018，16，2： | 29 |
| 2 | 表观遗传学药物的研究进展显示文摘随着表观遗传学研究的不断深入,表观遗传学药物的研究取得了巨大进展。目前已有研究并批准上市的表观遗传学药物主要针对DNA异常甲基化和组蛋白的异常修饰。潜在的药物有DNA甲基转移酶抑制剂、赖氨酸去甲基化酶抑制剂、蛋白质甲基转移酶抑制剂、组蛋白去乙酰化酶抑制剂、组蛋白乙酰基转移酶抑制剂、含溴结构域蛋白抑制剂及甲基化组蛋白结合蛋白的抑制剂等。该文综述了近年来表观遗传学治疗在药理学上的进展,以期为疾病防治和基础研究提供一些新的思路。 | 张玲 盛树力 秦川 | 2013 | 中国药理学通报2013，29，3： | 26 |
| 3 | 下一代测序技术在表观遗传学研究中的重要应用及进展显示文摘下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的出现,极大地促进了表观遗传学的研究。将NGS技术引入表观遗传学,便形成了以NGS为基础的各种表观遗传学测序及研究方法,如:全基因组亚硫酸氢盐测序法(Whole genome bisulfite sequencing,WGBS)、简化代表性亚硫酸氢盐测序法(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitationsequencing,MeDIP-seq)、染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)、Tet辅助重亚硫酸盐测序法(Tet-assisted bisulfite sequencing,TAB-seq)、各种染色体构象捕获测序(Chromosome conformation capture sequencing,3C-seq)技术、DnaseⅠ-seq/MNase-seq/FAIRE-seq以及RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)。这些方法的应用和普及改变了人们对多种表观遗传现象的传统认识,使研究人员能够更加全面地深入了解各种表观遗传标志在机体内的广泛分布,以及如何在外界因素的影响下发生相应的动态变化。文章概述了当今主要商业NGS平台的原理和特点,系统介绍了以NGS方法为基础衍生出来的各种表观遗传学测序及研究方法,并在此基础上对近年来应用NGS技术在表观遗传学研究领域中取得的最新研究成果进行了综述。 | 沈圣 屈彦纯 张军 | 2014 | 遗传2014，36，3： | 23 |
| 4 | Epigenetic regulation of DNA repair machinery in Helicobacter pylori-induced gastric carcinogenesis显示文摘Although thousands of DNA damaging events occur in each cell every day,efficient DNA repair pathways have evolved to counteract them. The DNA repair machinery plays a key role in maintaining genomic stability by avoiding the maintenance of mutations. The DNA repair enzymes continuously monitor the chromosomes to correct any damage that is caused by exogenous and endogenous mutagens. If DNA damage in proliferating cells is not repaired because of an inadequate expression of DNA repair genes,it might increase the risk of cancer. In addition to mutations,which can be either inherited or somatically acquired,epigenetic silencing of DNA repair genes has been associated with carcinogenesis. Gastric cancer represents the second highest cause of cancer mortality worldwide. The disease develops from the accumulation of several genetic and epigenetic changes during the lifetime. Among the risk factors,Helicobacter pylori(H. pylori) infection is considered the main driving factor to gastric cancer development. Thus,in this review,we summarize the current knowledge of the role of H. pylori infection on the epigenetic regulation of DNA repair machinery in gastric carcinogenesis. | Juliana Carvalho Santos Marcelo Lima Ribeiro | 2015 | World Journal of Gastroenterology2015，21，30： | 19 |
| 5 | Insights into epigenetic patterns in mammalian early embryos显示文摘Mammalian fertilization begins with the fusion of two specialized gametes,followed by major epigenetic remodeling leading to the formation of a totipotent embryo.During the development of the pre-implantation embryo,precise reprogramming progress is a prerequisite for avoiding developmental defects or embryonic lethality,but the underlying molecular mechanisms remain elusive.For the past few years,unprecedented breakthroughs have been made in mapping the regulatory network of dynamic epigenomes during mammalian early embryo development,taking advantage of multiple advances and innovations in low-input genome-wide chromatin analysis technologies.The aim of this review is to highlight the most recent progress in understanding the mechanisms of epigenetic remodeling during early embryogenesis in mammals,including DNA methylation,histone modifications,chromatin accessibility and 3D chromatin organization. | Ruimin Xu Chong Li Xiaoyu Liu Shaorong Gao | 2021 | Protein & Cell2021，12，1： | 13 |
| 6 | 上皮-间充质转变的概念变迁及与肿瘤转移研究进展显示文摘上皮-间充质转变(EMT),即上皮细胞向间充质细胞表型转变的生物学过程。越来越多的研究发现并证实EMT在肿瘤转移的启动到完成各步骤中均起到关键作用,是转移的标志性事件之一,有望成为新型靶向治疗的重要方向。然而,无论国内外研究,EMT的命名、定义及在转移中的具体价值和作用机制均有不少混淆和争议之处。因此,有必要围绕EMT的概念变迁及与肿瘤转移的最新研究进展做一介绍。 | 张益玮 彭秀达 肖帅 | 2020 | 中国普通外科杂志2020，29，2： | 13 |
| 7 | Histone methyltransferases and demethylases:regulators in balancing osteogenic and adipogenic differentiation of mesenchymal stem cells显示文摘Mesenchymal stem cells(MSCs) are characterized by their self-renewing capacity and differentiation potential into multiple tissues. Thus,management of the differentiation capacities of MSCs is important for MSC-based regenerative medicine, such as craniofacial bone regeneration, and in new treatments for metabolic bone diseases, such as osteoporosis. In recent years, histone modification has been a growing topic in the field of MSC lineage specification, in which the Su(var)3–9, enhancer-of-zeste, trithorax(SET) domain-containing family and the Jumonji C(JmjC) domain-containing family represent the major histone lysine methyltransferases(KMTs) and histone lysine demethylases(KDMs), respectively. In this review, we summarize the current understanding of the epigenetic mechanisms by which SET domain-containing KMTs and Jmj C domain-containing KDMs balance the osteogenic and adipogenic differentiation of MSCs. | Peng Deng Qian-Ming Chen Christine Hong Cun-Yu Wang | 2015 | International Journal of Oral Science2015，7，4： | 12 |
| 8 | Plant PRMTs Broaden the Scope of Arginine Methylation显示文摘在精氨酸残余的 translational 以后 methylation 是蛋白质的最重要的共有原子价修正之一,在优核质在无数必要细胞的过程包含了处理的 RNA,信号 transduction,和 DNA 例如 transcriptional 规定,修理。在精氨酸残余的 Methylation 被称为蛋白质精氨酸 methyltransferases (PRMT ) 的酶的一个家庭催化。PRMT 广泛地在各种各样的 taxa 被学习了,有在植物揭开他们的功能的重要性的一个成长趋势。在植物的最近的研究表明这 evolutionarily 保存了酶的家庭包括植物的生长, flowering 时间,生理节奏的周期,和对高中等的咸度和骆驼毛的织物的反应调整必要特点。在这评论,我们在植物在角色和这修正的未来前景上与特殊强调在 translational 以后精氨酸 methylation 的领域里加亮最近的进展。 | Ayaz Ahmad Xiaofeng Cao | 2012 | Journal of Genetics and Genomics2012，39，5： | 9 |
| 9 | 足细胞发育异常及相关肾脏疾病研究进展显示文摘足细胞是肾小球滤过屏障的重要组成部分,其数量减少或功能障碍将导致肾小球滤过功能损伤和相关肾脏疾病的发生。足细胞为不可再生性细胞,其数量和功能在一定程度上取决于其正常发育。已发表的文献和本实验室的研究工作表明,遗传或不良宫内环境等原因所致的足细胞发育不良,可能导致成年后肾小球滤过功能障碍,并成为某些胎源性肾脏疾病发生或易感的病因之一,而表观遗传学机制可能参与介导足细胞发育过程中某些关键基因的表达异常。本文对足细胞结构功能和正常发育、足细胞发育异常的病因和机制、以及足细胞发育异常所致的肾脏疾病等几方面进行综述,以期对发育源性足细胞相关肾脏疾病的诊断与治疗提供借鉴与参考。 | 朱亚男 敖英 李斌 万阳 汪晖 陈雁 | 2018 | 遗传2018，40，2： | 8 |
| 10 | 泛素?蛋白酶体途径在精子生成中的作用显示文摘泛素?蛋白酶体途径(Ubiquitin–proteasome pathway,UPP)是真核细胞内蛋白质主要降解途径,通过调节蛋白质相互作用、蛋白活性、蛋白定位及信号转导,进而在细胞周期进程、细胞凋亡、应激反应及机体生长发育等过程发挥重要作用。研究表明,UPP在人和动物精子生成中的顶体生物合成及精子尾部形成过程起着关键的调控作用,精子变态过程中UPP调控异常导致精子畸形及精子活力降低,并引发少精子症、不育及睾丸肿瘤等生殖系统疾病。本文综述了UPP在动物精子生成过程中的信号传导及调节机制,以期为后续相关研究提供参考。 | 董莲花 冉茂良 李智 彭馥芝 陈斌 | 2016 | 遗传2016，38，9： | 8 |
| 11 | 慢性阻塞性肺疾病的表观遗传学机制研究进展显示文摘慢性阻塞性肺疾病(慢阻肺)由于日益增长的发病率和病死率成为全世界主的健康问题之一,常以持续气流受限为特征,气流受限通常呈进行性发展,并与气道和肺组织对烟草烟雾等有害气体或有害颗粒的异常炎症反应有关。 | 王志华 谢俊刚 | 2017 | 中华结核和呼吸杂志2017，40，6： | 8 |
| 12 | 表观遗传学在扩张型心肌病中的研究进展显示文摘扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)是以扩大的心室和收缩功能障碍为特征的一种心肌病。DCM在所有心肌病中发病率最高,是一种严重威胁人类健康与生命的重大慢性病。DCM的病因及发病机制未完全明确,亦无特效药物及方法。因此,探寻DCM新的发病机制,从而寻找新的治疗方法和药物靶点,对临床救治具有重大意义。表观遗传学是不改变基因序列而引起的细胞表型和基因表达的可遗传改变,并受基因与环境相互作用的影响。本文将从DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和非编码RNA等4个主要表观遗传学角度,综述DCM表观遗传学领域的一些新进展,为诊治DCM提供潜在的新途径。 | 沈丽娟 陆曙 孔令晶 杨葛魏 邢清敏 | 2021 | 临床心血管病杂志2021，37，2： | 8 |
| 13 | Wnt/β-catenin信号通路及其在胰腺癌发生发展中的作用显示文摘Wnt信号传导通路是广泛存在于真核生物中一条高度保守的信号通路,β-连环蛋白(β-catenin)是Wnt信号通路中的关键调控因子,通路中的效应因子在肿瘤的侵袭转移和增殖凋亡过程中发挥重要作用。Wnt/β-catenin信号通路与胰腺癌关系密切,并在肿瘤形成的不同阶段发挥不同的作用,抑制此通路能起到抗肿瘤作用,有可能成为候选的靶向治疗靶点,值得进一步研究。本文就Wnt/β-catenin通路的信号传导途径及其在胰腺癌发生发展过程中的作用作一综述。 | 吴梦瑶 谢宇锋 陶敏 | 2013 | 现代仪器与医疗2013，19，5： | 7 |
| 14 | 结直肠癌的表观遗传学显示文摘结直肠癌是常见的消化系恶性肿瘤,他的发生是基因突变和表观遗传学改变逐渐积累、共同作用的结果.且表观遗传学的作用比基因突变的作用更大.本文论述了结直肠癌中表观遗传学的研究进展,为结直肠癌的预防、诊断、治疗及预后提供新的思路. | 剧宏燕 柴秀坤 白文元 | 2014 | 世界华人消化杂志2014，22，15： | 7 |
| 15 | 乙型肝炎病毒相关肝功能衰竭患者循环组蛋白肝细胞损伤效应及其机制显示文摘目的:探讨乙型肝炎病毒相关肝功能衰竭(HBV-LF)时循环组蛋白对肝细胞的损伤效应及其机制。方法收集 HBV-LF 患者血清,测定组蛋白 H3及 H4、ALT 、AST 、TBil 、DBil 、PTA 、肌酐和国际标准化比值(INR),计算患者终末期肝病模型(MELD)评分;比较患者与健康者血清中组蛋白水平,分析其与 PTA 、MELD 评分的相关性;用患者血清、人肝细胞裂解上清液和上清液+抗组蛋白 H3、H4抗体分别处理培养的 L-02人肝细胞,观察细胞形态和凋亡率;用纯化组蛋白处理培养的 L-02细胞,观察细胞内钙离子浓度及半胱天冬氨酸蛋白酶(Caspase)-3活性。两独立样本均数比较采用 t 检验,相关性分析采用 Spearman 相关分析。结果与健康者比较,HBV-LF 患者循环组蛋白 H3[(5390.3±1032.0) mg/L 比(42.7±12.8) mg/L ,t =32.76,P<0.01]、H4[(4205.1±662.3) mg/L 比(40.3±14.6) mg/L ,t=39.74,P<0.01]水平均显著升高;且患者循环组蛋白 H3、H4水平均与 PTA 呈负相关(r 值分别为-0.325、-0.572,均 P <0.05),与 MELD 评分均呈正相关(r 值分别为0.359、0.568,均P<0.05)。含循环组蛋白 HBV-LF 患者血清或含组蛋白人肝细胞裂解上清液对培养的 L-02细胞均有损伤效应,该效应受抗组蛋白抗体抑制[(9.3±1.5)%比(14.3±0.6)%,t=4.259,P=0.02];纯化组蛋白处理培养的 L-02细胞,细胞内钙离子荧光与 Caspase-3活性随组蛋白处理浓度增加而增强,抗组蛋白抗体对 Caspase-3活性增强效应有一定的抑制作用[(3.5±0.5)%比(5.2±0.6)%,t =4.243,P =0.02]。结论 HBV-LF 患者升高的循环组蛋白对肝细胞具有损伤作用。 | 蒋训 高蕾 | 2014 | 中华传染病杂志2014，32，7： | 6 |
| 16 | 膀胱癌耐药机制的研究进展显示文摘近年来,肿瘤细胞耐药性的产生给膀胱癌的治疗和预后带来了新的挑战,因此对膀胱癌耐药机制的研究显得越来越迫切。目前发现的膀胱癌耐药机制主要包括:药物外排、上皮-间质转化、细胞自噬、微RNA调节和基因表观遗传学修饰等,其中涉及多种细胞信号转导通路。而且,不同的耐药机制可能通过相同的信号通路发生交叉联系,从而组成一个复杂的调控网络。本文就膀胱癌耐药机制研究的最新进展进行综述,以期为膀胱癌的靶向治疗提供新的思路。 | 王婵娟 朱熹 李艾为 张捷 | 2017 | 肿瘤2017，37，2： | 6 |
| 17 | Epigenetic inheritance: Uncontested?显示文摘鈥淓p igenetics 鈥 ? 当前被定义为变化的鈥渢h e 继承(上面并且在远处的 -genetics)(epi-) 在 DNA 顺序鈥变化吗?尽管 histones 被相信带重要 epigenetic 信息,很少对基于 histone 的 epigenetic 信息的继承的分子的机制被知道,包括 histone 修正和 histone 变体。这里,我们考察最近的进步并且为 histone 的有丝分裂的继承讨论潜在的模型基于修正的 epigenetic 信息。 | Bing Zhu Danny Reinberg | 2011 | Cell Research2011，21，3： | 6 |
| 18 | The Polycomb Complex PRC1:Composition and Function in Plants显示文摘Polycomb group(PcG) proteins are crucial epigenetic regulators conferring transcriptional memory to cell lineages.They assemble into multi-protein complexes,e.g.,Polycomb Repressive Complex 1 and 2(PRC1,PRC2),which are thought to act in a sequential manner to stably maintain gene repression.PRC2 induces histone H3 lysine 27(H3K27) trimethylation(H3K27me3),which is subsequently read by PRCl that further catalyzes H2A monoubiquitination(H2Aub1),creating a transcriptional silent chromatin conformation.PRC2 components are conserved in plants and have been extensively characterized in Arabidopsis.In contrast,PRCl composition and function are more diverged between animals and plants.Only more recently,PRC1 existence in plants has been documented.Here we review the aspects of plant specific and conserved PRC1 and highlight critical roles of PRC1 components in seed embryonic trait determinacy,shoot stem cell fate determinacy,and flower development in Arabidopsis. | Anne Molitor Wen-Hui Shen | 2013 | Journal of Genetics and Genomics2013，40，5： | 6 |
| 19 | 表观遗传学在帕金森病发病机制中的研究进展显示文摘帕金森病(PD)又称震颤麻痹,是一种常见的神经系统退行性疾病,以静止性震颤、肌强直、运动减少和姿势步态异常等运动症状为主要临床表现[1-5],并伴有嗅觉减退、睡眠障碍、自主神经功能减退、认知功能障碍等非运动症状。主要病理改变为中脑黑质多巴胺能神经元进行性变性坏死,并出现标志性的蛋白包涵小体(路易小体),其主要生化改变为纹状体多巴胺递质显著降低[3]。 | 李敦辉 吴丽 周海燕 陈生弟 | 2015 | 临床神经病学杂志2015，28，4： | 6 |
| 20 | 组蛋白修饰在破骨细胞分化中的作用显示文摘破骨细胞(osteoclast,OC)是来源于造血干细胞的多核巨细胞,是机体内唯一具有骨吸收功能的细胞。OC功能失衡与多种骨代谢疾病的发生发展密切相关,如骨质疏松症、骨关节炎和Paget’s病等,常作为骨代谢疾病临床治疗和药物研发的靶细胞。组蛋白(histone,H)是细胞核内序列高度保守的蛋白质,组蛋白修饰是指组蛋白在酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化和泛素化等修饰的过程,组蛋白修饰通过影响染色质的结构和松弛程度,调控基因转录和翻译,从而影响相关疾病的发展。近年来,越来越多的研究表明组蛋白修饰对于破骨细胞的分化具有重要的调节作用。本文对组蛋白修饰在破骨细胞分化中的作用进行综述,为组蛋白修饰抑制剂在骨代谢相关疾病中的研发和临床运用提供指导。 | 谢保平 黄立慧 钟佳宁 | 2021 | 中国骨质疏松杂志2021，27，5： | 5 |
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